Khobar có khí hậu hoang mạc (phân loại khí hậu Köppen: BWh), với mùa hè rất nóng và ẩm, còn mùa đông khô và mát dịu.

Nhiệt độ trung bình năm của thành phố là 33 °C vào ban ngày và 22 °C vào ban đêm. Tháng lạnh nhất là tháng 1, nhiệt độ thường dao động từ 12 °C đến 22 °C vào ban ngày và từ 3-18 °C vào ban đêm. Nhìn chung, mùa hè kéo dài khoảng bốn tháng, từ tháng 5 đến tháng 10. Hai tháng 4 và 11 là tháng chuyển mùa; nhiệt độ dao động từ 37-50 °C vào ban ngày và 24-36 °C vào ban đêm. Các tháng lạnh nhất là 12, 1 và 2, nhiệt độ trung bình là khoảng 11 °C vào ban ngày và 5 °C vào ban đêm. Dao động lớn về nhiệt độ là điều hiếm gặp, đặc biệt là vào các tháng mùa hè.